В рамках гражданских дел зачастую необходимо разрешить специальные вопросы, требующие специальных знаний нескольких специалистов, в этом случае следует подать ходатайство о назначении комплексной экспертизы.
Например, по делам о праве собственности на самовольную постройку часто требуется проведение комплексной строительно-технической экспертизы, о признании сделки недействительной, проведение психолого-психиатрической экспертизы. Очень часто ходатайство о назначении медицинской экспертизы должно содержать указание на ее комплексный характер (привлечение экспертов в медицине разных специализаций).