Участвующее в деле лицо вправе подать в суд ходатайство о назначении бухгалтерской экспертизы, если требуются специальные познания в бухгалтерской документации и операциях, связанных с движением денежных средств и материальных ценностей. Очень часто такая экспертиза назначается в уголовных делах по экономическим преступлениям, в рамках дел об административных правонарушениях.
Как вид экспертизы по гражданским делам бухгалтерская экспертиза может быть назначена по трудовым спорам, в т.ч. при взыскании материального ущерба с работника, заработной платы, трудовых и иных компенсаций.